环境微生物多样性分析服务_详细资料

产品信息

简介：宏基因组学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养，而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过宏基因组测序，能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系，极大地扩展了微生物学研究范围。环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物16S rDNA高变区/ITS 的PCR扩增产物进行高通量测序，分析该环境下微生物群落的多样性和分布规律。

一技术路线

数据分析内容：

1.原始数据整理、过滤及质量评估

2.OTU列表生成及注释

3.基于物种丰度分析：

稀释曲线

Alpha多样性分析

物种丰度差异分析

聚类分析（热图）

多元统计分析（根据实验设计）

4.基于群落结构分析：

单样品物种分布

多样品物种分布

含进化关系的物种分布

Beta多样性分析（PCoA、NMDS）

5.根据客户需求进行个性化分析

样本条件：

1、样品采集：由于环境条件的变化对微生物影响很大，因此要求样品采集条件保持高度一致。为了防止微生物死亡或DNA降解，采样后立即冷冻保存。

2、样品DNA：环境因素异常复杂，许多物质或YZ因子会影响后续PCR、测序文库构建和序列测定，常规提取方法不一定合适，建议按公司要求采用专用试剂盒提取。基因组DNA浓度＞50 ng/μl，总量＞5 μg，OD 260/280在1.8-2.0之间，并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整；基因组DNA完全无降解；提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样。

3、样品保存期间切忌反复冻融。

4、送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。

特别声明：为了更好的让广大客户放心以及提高本公司自身的服务水平，我们谨慎的作出以下承诺：

1、在实验不成功的情况下，我们不收取您任何费用；

2、如果您发现实验结果有任何造假、虚构及有违实验事实的情况，我们将支付实验费用1000%的额外赔偿；

如果您需要此项服务您可以直接在线下单，我们会在收到后回电并确认订单详情；或者您也可以在线咨询，我们的技术人员会向您介绍我们的具体服务细节；如果您尚未确定是否需要此项服务，或者暂时没有准备好实验材料，欢迎您在有需要时致电我们的RACE专线：400-000-6560

技术发表文献案列 :

案例1：人类“肠型”研究

背景：人体肠道微生物与人类健康息息相关，是否能以这些微生物的多样性来划分不同的肠型是一个值得探讨的问题。

目的：利用Illumina和Roche 454测序平台对不同年龄、体重、性别及国籍的人群肠道微生物多样性进行研究。

结果：研究发现人体胃肠道微生物区系并不是随机组合而成的，在所有受检人群中大致可以分为三种类型（enterotypes）：拟杆菌型（Bacteroides）、普氏菌型（Prevotella）、瘤胃球菌型（Ruminococcus）。对更大规模的人群（154名美国人和85名丹麦人）进行调查也得到了同样的结论，这说明在人体的肠道内真正存活较好的微生物生态组，其数量可能并不太多。不过这种分型方法和人体的年龄、体重、性别或国籍都没有任何关联。

[ Arumugam M, Raes J, Pelletier E, et al. Enterotypes of the human gut microbiome. Nature, 2011, 473(7346): 174-180 ]

案例2：北极多年海冰和表层海水微生物多样性研究

背景：北极多年海冰（multiyear ice，MYI）的急剧减少表明这种环境可能在100年后就会消失，为了了解这种微生物多样性丧失的影响，对北极附近的两处多年海冰的微生物群落进行研究。
目的：利用Roche 454 FLX测序平台对2个多年海冰和3个海水样本中的微生物16S rDNA的V3区进行测序，揭示出北极多年海冰和表层海水的微生物群落结构。

结果：北极多年海冰与周围的海水中微生物存在很大的差异。其中，多年海冰中的微生物群落多样性与海水相当，但是丰度较少。此外，还首次在北极海冰中发现蓝藻以及一些过去未曾报道的低丰度微生物物种。

[ Bowman JS, Rasmussen S, Blom N, et al. Microbial community structure of Arctic multiyear sea ice and surface seawater by 454 sequencing of the 16S RNA gene. The ISME journal, 2012, 6(1): 11-20 ]

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