RIP seq

RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP ）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。 RIP这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA，再通过高通量测序实现对目的RNA的信息分析。RIP技术与高通量测序的结合，能帮助研究人员更好的了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。

技术路线

图释：RIP-sequencing实验流程（Zhao et al.  Mol Cell，2010）

样本要求

• 样品类型：RIP实验分离的RNA样品

• 物种：人、大小鼠（特殊物种详询技术支持）

•具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录一。

测序方案

测序模式PE150

测序数据量10Gb

生物信息分析内容

1 原始数据质控检查

2 比对结果质控检查

3 测序reads全转录组分布图

4 结合峰鉴定

5 结合峰基因元件分布

6 差异结合峰检测

7 差异结合峰相关基因GO功能富集分析

8 差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析


高通量测序附录