16s rDNA测序

16S rDNA是原核生物编码16S rRNA的基因，长度约为1500bp，由10个保守区和9个可变区（V1-V9）组成，可变区反映了物种间的差异性。16S rDNA-seq是通过提取微生物菌群的DNA，选择可变区的特定区段(V3-V4)进行PCR扩增，再通过高通量测序的方法，帮助研究人员分析特定环境中微生物群体基因组成及功能、微生物群体的多样性与丰度，进而分析微生物与环境、微生物与宿主之间的关系，发现具有特定功能的基因。在医学领域，主要应用于肠道微生物与疾病的关联分析，揭示疾病与健康个体间微生物的差异，研究药物或饮食干扰后菌群差异，或某一病程发展过程中肠道菌群的变化，如结直肠癌等。

技术路线

样品要求

• 样品类型：Meta样品，如粪便、土壤等或Meta DNA样品。

• 物种：常见有参微生物（详询技术支持）

•具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录二。

测序方案

测序模式PE250

测序数据量 0.05M clean reads

生物信息分析内容

基础分析  

1 原始数据处理及统计；

2 可变区域验证；

3 操作分类单元（OTU）聚类及分析；

4 单样本物种分类及丰度分析；

5 多样品物种丰度分析；

6 Alpha多样性分析；

7 Beta多样性分析；

高级分析 

8 样品差异主要因子分析；

9 组间显著性差异分析；

10 系统进化树构建；


高通量测序附录