简化基因组测序
简化基因组测序（Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS）顾名思义是对部分基因组进行序列测定。它是指利用生物信息学方法，设计标记开发方案，富集特异性长度片段，应用高通量测序技术获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。
一、技术路线
推荐平台：Illumina HiSeq 2000
二、生物信息分析
1）未知参考基因组的信息分析
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
2. 标记位点分析：3. 应用分析： - SNP单体型图谱分析
- 全基因组关联分析（GWAS）
- 连锁分析和QTL定位
- 种群进化分析
4. 根据客户需求进行个性化分析
2）已知参考基因组的信息分析
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
2. 标记位点分析： - 标记位点在基因组上定位
- 标记位点鉴定
- SNPs位点鉴定
- 应用分析：
- SNP单体型图谱分析
- 全基因组关联分析（GWAS）
- 连锁分析和QTL定位
- 种群进化分析
4. 根据客户需求进行个性化分析
三、样品要求 - 动物组织样品：要求新鲜动物组织，避免脂肪组织，每个样品重量＞10 g。
- 血液样品：每份新鲜抗凝血液样本的体积＞5 mL。
- 植物样品：要求新鲜较嫩的叶片组织，每个样品重量＞10 g，干冰或者液氮保存寄送。
- DNA样品：请提供浓度＞100 ng/μl，总量＞20 μg的DNA，OD260/280介于1.8-2.0之间，并确保DNA无降解。
- 样品保存期间切忌反复冻融。
- 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
四、成功案例 项目背景：动物从头测序或者重测序成本贵，周期长，难度大。
研究目的：进行简化基因组测序，能开发得到大量的分子标记。
经典案例
案例1：群体SNPs遗传图谱构建和进化分析
背景：瓶草蚊（pitcher plant mosquito）是个被发现在遗传学上适应气候快速变化的物种。它不是模式生物，也没有基因组的参考序列。
目的：采用RAD-Seq（restriction-site-associated DNA sequencing）方法探索不同地理分布瓶草蚊群体进化关系。 结论：对北美21个不同地理分布的猪笼草蚊群体进行分析，使用8个碱基识别位点的内切酶SbfI消化gDNA，在13627个位点上获得了3741 SNPs。使用似然法成功地将21个群体区分为4个大分支，而且21个群体间的进化关系得到的阐明。
[ Emerson KJ, Merz CR, CatchenJM, et al. Resolving postglacial phylogeography using high-throughput sequencing. ProcNatl Acad Sci, 2010, 107: 16196-16200 ]五、常见问题和解答
1. Q：高密度SNPs标记开发时要考虑哪些因素？
A：高密度SNPs标记开发的基本条件和设计理念是所获得的片段尽量在基因组上分布均匀，通过测定少量代表全基因组信息的序列获得的成千上万SNPs标记。首先要利用生物信息学方法对目标物种参考基因组（或已知BAC序列）进行系统分析，根据基因组GC含量、重复序列情况和基因特点等信息，选择相应的限制性酶以及测序文库类型，以保证分子标记的密度、均匀性、效率满足遗传分析和分子育种的需要。
2. Q：简化基因组测序的常用测序文库类型有哪些？
A：简化基因组测序常用测序文库类型可以归纳为3个大类，①简化测序，包括简化文库（reduced-representation libraries，RRLs）和简化多态序列复杂性（complexity reduction of polymorphic sequences，CroPS）；②限制性酶切位点关联DNA测序（restriction-site-associated DNA sequencing，RAD-seq）；③低覆盖基因分型文库，包括多元鸟枪法基因分型（multiplexed shotgun genotyping，MSG）和基于测序的基因分型（genotyping by sequencing，GBS）。
