对于DNA甲基化的检测，目前采用：甲基化DNA富集并结合高通量测序（MBD-Seq, Methylated DNA Binding Domain-Sequencing）的方法。MBD-Seq的原理是：由于在哺乳动物中甲基化一般发生在CpG的胞嘧啶5位碳原子上，所以可通过特异性结合甲基化DNA的蛋白MBD2b或5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段，并结合第二代高通量测序，对富集到的DNA片段进行测序，从而检测全基因组范围内的甲基化位点。
生物信息分析
| DSAM-01 | 测序质量评估(QC) |
| DSAM-02 | MBD-Seq序列与参考序列比对 |
| DSAM-03 | MBD-Seq序列比对的甲基化信息概况 |
| DSAM-04 | Peak calling |
| DSAM-05 | Peak在基因上、基因间区的分布情况 |
| DSAM-06 | Peak在基因组区域富集程度统计 |
| DSAM-07 | Peak在基因组区域富集程度统计 |
| DSAM-08 | Peak区域功能注释和富集度分析 |
| 其他 | |
样品要求：
1) 样品质量：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间；无RNA污染。无降解（在琼脂糖电泳中，DNA的片段在23kb 的Hind III 酶切的lamda phage DNA的片段之后靠近电源的负极）.
2) 样品浓度：浓度不低于50ng/µl。
3) 样品总量：每个样品总量不少于15µg。
4) 样品溶剂：要溶解在无菌的10 mM TirsHCl， 1mM EDTAE (pH 8.0)溶液中。经过65C 10分钟处理（将可能存在的DNAase 灭活）；
5) 样品运输： DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。
沪公网安备 31011502008050号
