LncPath 芯片实验外包服务

【嘉美实验】长链非编码RNA (LncRNA) 是一类转录本长度超过200nt的RNA，它们本身并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。近年来的研究表明：LncRNA广泛参与各种信号通路，LncRNA的异常表达与包括癌症在内的多种疾病密切相关。迄今为止，研究得比较透彻的LncRNA还很少，超过99%的LncRNA的功能和调控机制尚不清楚。为了促进LncRNA的研究，Arraystar公司开发了LncPathTM 疾病/信号通路特异性LncRNA芯片。LncPathTM 芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的LncRNA以及相应的靶基因，帮助客户快速的将LncRNA的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。
 
嘉美实验为您提供一站式LncPathTM 芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，嘉美的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。
 
LncPathTM 疾病/信号通路特异性LncRNA芯片产品列表

 
LncPathTM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片优势
1、对疾病/信号通路特异性LncRNA可靠的收集
LncPathTM芯片通过整合权威数据库，经典文献和Arraystar LncRNA数据库等资源，对疾病/信号通路特异性的LncRNA进行了全面，可靠的收集，涵盖的LncRNA主要有：
a、疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的邻近LncRNAs
b 、疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的长链非编码ceRNAs
c、已知的与特定疾病或信号通路相关的LncRNAs
 

图1. LncPathTM芯片的LncRNA收集流程
 
2、快速的建立LncRNA调控机制与其生物学功能之间的联系
LncPathTM芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的LncRNA以及相应的靶基因，并且对LncRNA和靶基因的关系进行了详细的注释，能够帮助客户快速的将LncRNA的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。
 
 
图2. 通过LncPathTM芯片建立LncRNA的调控机制与其生物学功能之间的联系
 
3、图形化的展示LncRNA及其靶基因的信息
LncPathTM芯片提供LncRNA及其靶基因信息的图形化展示，通过图形化展示客户可以迅速了解LncRNA及其靶基因的关系（图3），方便后续的机制和功能研究，这些图形化展示结果都可以通过Arraystar网站免费获得。
 
 
图3. 可能调控WNT信号通路中的关键基因CCND2的LncRNAs详细信息
 
4、创新性的探针设计
LncPathTM芯片采用了创新性的探针设计：针对每个LncRNA设计转录本特异的LncRNA探针，保证对LncRNA的准确检测。针对每个蛋白编码基因设计两种探针：基因探针和转录本特异性探针。基因探针用于检测基因水平的表达情况，它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。转录本特异性探针用于检测此基因的经典转录本的表达，它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响。
 

 
图4. LncRNA探针：转录本特异性探针，可以准确的检测LncRNA
 
基因探针：用于检测蛋白编码基因在基因水平的表达情况。它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。
转录本特异性探针：用于检测蛋白编码基因在转录本水平的表达情况。它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响。
 
5、GX、稳定的标记系统
LncPathTM芯片采用了一种GX，灵活的标记系统（图5）。这种标记方法不但可以同时标记带PolyA尾巴和不带PolyA尾巴的转录本，还可以极大的增加低丰度RNA和降解RNA的cRNA产率，灵敏度比常规标记方法高100倍以上。

 
图5. GX，灵活的标记系统
 
6、可靠的芯片性能
高灵敏度：能准确检测跨域5个数量级的低丰度RNA

 
图6. LncPathTM芯片具有跨越超过5个数量级的检测范围。横轴代表Spike-in浓度的log值，纵轴表示Spike-in芯片信号（log2转化后）
 
7、高重复性：Arraystar circRNA 芯片实验的技术重复组之间具有很好的相关性（R2>0.9）（图7）

图7. LncPathTM芯片技术重复间的散点图。分别用同样的样品在不同两天进行芯片标记和杂交反应，并根据芯片信号做出散点图，从图中可以看出：芯片间的相关性非常高（R2>0.9），说明LncPathTM芯片平台重复性很好，非常稳定。
 
LncPathTM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片应用思路
 

 
 
LncPathTM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片实验服务流程
1、 样品总RNA抽提
若实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），匀浆后抽提RNA。
若实验对象为细胞样品，每份样品取1×106~1×107细胞，完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），裂解后抽提RNA。
2、RNA质量检测
使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。
使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性
3、加入Spike-in内参
4、 cDNA样品合成和标记
5、标记效率质量检测
使用Nanodrop检测荧光标记效率，以保证后续芯片实验结果的可靠性。
6、芯片杂交
在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交
7、图像采集和数据分析
使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
8、 提供实验报告
芯片扫描图
实验方法中英文报告
RNA质检报告
芯片数据结果报告，包括差异表达LncRNA列表，差异表达基因列表，差异LncRNA与相应靶基因的详细注释。

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