Shotgun测序(鸟枪法测序)
“鸟枪法”由美国塞莱拉遗传公司创始人克雷格·文特尔发明,主要是针对大片段的全长测序,即:将DNA大片段通过超声等物理方法打碎成小片段再测序,然后通过生物信息组装排序。随着BAC、FOSMID、COSMID等大容量载体的不断完善和广泛的应用,鸟枪法测序也成为了研究工作中获取大片段序列很常规的方法。
流程:
1、基因组文库构建:建立高度随机、插入片段大小为2kb左右的基因组文库;
备注:克隆数要达到一定数量,即经末端测序的克隆片段的碱基总数应覆盖该片段基因组6-10倍;
2、GX、大规模的末端测序,对文库中每一个克隆,进行两端测序;
3、序列组装;
4、填补缺口。
测序对象:
1、BAC、FOSMID、COSMID的测序;
2、细胞器DNA测序,包括叶绿体、线粒体等;
3、病毒基因组DNA测序。
服务特点:
1、可靠: 8-10倍覆盖率,质量标准:Phred-20,全长准确率大于99.99%;
2、快速:成熟的实验流程,确保您在最短时间内拿到数据,一般6~8周;
3、 零Gap:出色的Gap-closing能力,真正的全长测序!
样品要求:
1、BAC、FOSMID、COSMID的测序:甘油菌或穿刺菌。
2、细胞器DNA或病毒DNA等:纯化后的DNA,大于5ug。
3、送样需注明:
样品名称,类型,培养基抗性,载体名称,类型,插入片段大小,是否补Gap等。