长链非编码RNA测序 lncRNA seq

　长链非编码RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs（不含rRNA），广泛存在于各种生物体内。lncRNAs参与表观遗传、转录以及转录后等多水平的调控过程，在生命活动中具有重要作用。lncRNA测序服务，使用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析，一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息，为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具。 技术优势

1. 技术稳定，建库重复性好：同一样本重复建库相关性Pearson值大于0.993；
2. 基于高通量测序技术，可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA信息；
3. 不局限于对已知lncRNA的研究，还可进行novel lncRNA的预测；
4. 除人和鼠外，还可应用于其他真核物种，可共同制定定制化研究方案。

  技术流程

                                    lncRNA测序分析技术流程图

技术参数

一、样品要求

                                                        表1 样品质量判定标准

样品类型	检测方法	检测结果				判定结论
		Agilent/AGE			NanoDropTM
人、鼠Total RNA	Agilent 2100	m≥10 μg	c≥200 ng/μL RIN≥7.0 28S/18S≥1.0	图谱基线无上抬， 5S峰正常	N/A	Level A
		5 μg≤m≤10 μg				Level B

 

说明：

Level A：A类样品，指的是质量满足建库测序要求，且总量可以满足2次或者2次以上建库需要的样品。

Level B：B类样品，指的是质量满足建库测序要求，且总量可以满足1次但不足2次建库需要的样品。

 

二、项目运转周期

标准流程的运转周期约为60个工作日（20对以上样本需额外增加时间）。

 

三、项目合格指标

产生不低于合同规定的clean data。
 

数据分析内容:

1. 标准信息分析

2. 定制化信息分析（需要mRNA表达量数据，并且需要根据样本数量等进行评估）

　　1）CNC（coding-non-coding）共表达注释；

　　2）Pathway富集分析；

　　3）结合客户的需求，协商定制其它定制化信息分析内容。

样品要求
 
1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
2）样品量：细胞样品请提供至少1×10^7个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。
3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
 
 

 

应用案例:

ZG人群前列腺癌的RNA-Seq分析鉴定基因融合、癌症相关lncRNAs和异常可变剪切

Ren S. et al. RNA-Seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions, cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicing. Cell research. 2012, 1-16.

案例描述

　　通过RNA-Seq技术对14个ZG前列腺癌病人的转录组进行全面分析，结果发现基因融合，长非编码RNA，可变剪切以及体突变在不同病人中差异很大。

lncRNA相关研究成果展示

　　通过对14对样本的非编码RNA进行分析，在每个样本中平均发现了1599个已知的长非编码RNA。通过肿瘤样本和正常对照样本进行分析，发现了406个有差异表达的长非编码RNA。此研究找到了ZG人群特异的融合基因，同时还鉴定了大量的差异表达的lncRNA（图1和图2），通过对lncRNA和基因表达的关系分析显示，lncRNA有可能有转录调控之外的其他功能（图2）。


参考文献
 
[1] The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res. 2012 22: 1775-1789.
 
[2] A long noncoding RNA regulates photoperiod-sensitive male sterility, an essential component of hybrid rice. PNAS, 2012, 109:2654-2659