简化基因组测序及信息分析
简介
简化基因组测序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS)顾名思义是对部分基因组进行序列测定。它是指利用生物信息学方法,设计标记开发方案,富集特异性长度片段,应用高通量测序技术获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。
技术流程
技术优势
荧光标记引物,定性检测扩增条带大小,无需聚丙烯酰胺胶检测,大大缩短了项目流程与时间。毛细管电泳结果展示清晰明了,条带清晰。既适合工作量大的群体分子标记,也适合于多倍体或者野生群体等复杂基因组的分子标记研究。
样品要求
1. 基因组DNA:浓度≥100 ng/μL,总量≥10 μg,OD260/280介于1.8~2.0之间,电泳检测无明显 RNA 条带,基因组条带清晰、完整。样品浓度越高越好。
2. 血液样品:≥1mL,请使用专业抗凝管储存样品。
3. 动物组织样品:要求新鲜动物组织,避免脂肪组织,各样品重量>10 g,干冰或液氮保存寄送。
4. 植物组织样品:要求新鲜较嫩的叶片组织,各样品重量>5 g,干冰或液氮保存寄送。
5. 样品保存期间切忌反复冻融。
6. 请使用冰袋或干冰运输,避免 DNA 降解。
7. 请填写完整的送样单,用自封袋密封后随同样品一起送样。
服务周期
按照10000个反应/5个工作日计算。平均周期按照项目具体情况,大约为一周至三个月。
适用领域
1. 基因组作图和基因定位研究
根据诸如形态、生理和生化等常规标记来构建的,所建成的遗传图谱仅限少数种类的生物,而且图谱分辨率大多很低,图距大,饱和度低,因而应用价值有限。分子标记用于遗传图谱构建是遗传学领域的重大进展之一。随着新的标记技术的发展,生物遗传图谱名单上的新成员将不断增加,图谱上标记的密度也将越来越高。建立起完整的高密度的分子图谱,就可以定位感兴趣的基因。
2. 基于图谱克隆基因
利用分子标记辅助的图位克隆无需事先知道基因的序列,也不必了解基因的表达产物,就可以直接克隆基因。图位克隆是最为通用的基因识别途径,至少在理论上适用于一切基因。基因组研究提供的高密度遗传图谱、大尺寸物理图谱、大片段基因组文库和基因组全序列,已为图位克隆的广泛应用铺平了道路。
3. 物种亲缘关系和系统分类中的应用
分子标记广泛存在于基因组的各个区域,通过对随机分布于整个基因组的分子标记的多态性进行比较,就能够全面评估研究对象的多样性,并揭示其遗传本质。利用遗传多样性的结果可以对物种进行聚类分析,进而了解其系统发育与亲缘关系。分子标记的发展为研究物种亲缘关系和系统分类提供了有力的手段。
4. 用于疾病诊断和遗传病连锁分析
小卫星和微卫星因其高度多态性而被广泛用于疾病诊断和遗传病的连锁分析。随着高通量SNP检测技术方法的出现,作为数量最多且易于批量检测的多态标记,SNP 在连锁分析与基因定位,包括复杂疾病的基因定位、关联分析、个体和群体对环境致病因子与药物的易感性研究中将发挥愈来愈重要的作用。
结果展示
1. 毛细管电泳结果展示
2. 峰图展示
3. 分析结果展示
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