lncRNA测序服务

长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是长度在200-100000 nt之间的RNA分子。它们不编码蛋白，但参与细胞内多种过程调控。近年来的研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默，基因组印记，染色质修饰，转录激活等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。

lncRNA的高通量研究方法，主要是微阵列和新一代高通量测序。它们在大规模发现lncRNA和探索lncRNA的功能中得到了广泛的应用。

上海伯豪向广大用户提供lncRNA测序服务，使用高通量测序技术结合生物信息学分析，一次性获得样本中lncRNAs信息，为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具。 

技术路线：

样品要求（RNA） 
1) 样品纯度：OD 260/280值应在1.9～2.2 之间，RNA 28S:18S≥1.5推荐 RIN≥7；DNA 应该去除干净。 
2) 样品浓度：ZD浓度不低于50ng/µl。 
3) 样品总量：每个样品总量不少于6µg。 
4) 样品溶剂：要溶解在H20或TE (pH 8.0)中。 
5) 样品运输： RNA用冻存管保存，并用干冰或液氮运输。 

lncRNA测序数据分析 

1. 数据分析流程 

2. 标准信息分析 
1) 原始数据预处理：去除接头污染、低质量序列得到clean data，去除核糖体RNA数据，数据产出统计及测序数据质量评估； 
2) 基因组mapping，转录本组装； 
3) 鉴定已知lncRNA（采用NONCODERv3、lncrnadb、Ensembl、NCBI、UCSC等多个lncRNA数据库的集合或者自定义数据库）； 
4) 预测新的lncRNA（PhyloCSF预测算法与CPC预测算法）； 
5) lncRNA定量及差异分析（差异分析需2个或2个样品以上）； 
6) 差异lncRNA靶基因预测（采用同源比对及RNAplex能量计算确定靶基因）； 
7) 差异lncRNA靶基因的GO analysis； 
8) 差异lncRNA靶基因的pathway analysis。 

3. 定制化信息分析 
1) 差异lncRNA与mRNA共表达分析； 
2) 结合客户的需求，协商定制其它定制化信息分析内容。

高级分析内容

趋势显著性分析

功能层次网络构建 (GO-network)

信号通路调控网络构建 (pathway-network)

基因相互作用网络图

转录因子分析及网络构建

时间序列的共表达网络

分子建模预测 (MAKER预测)

差异lncRNA与靶基因网络构建

lncRNA与mRNA共表达分析

lncRNA序列与结构保守性分析

lncRNA保守二级结构预测